Variación genética en los genes HOXC13 y KRT31 de alpaca (Vicugna pacos)
DOI:
https://doi.org/10.17268/manglar.2020.024Resumen
El objetivo del presente estudio fue identificar y caracterizar genéticamente polimorfismos de nucleótido único (SNPs) del gen HOXC13 y KRT31 en una población de alpacas Huacaya de Huancavelica, Perú. ADN genómico (n = 96) fue usado para amplificación por PCR y secuenciamiento de un fragmento de 581 pares de bases y 281 pares de bases de los genes HOXC13 y KRT31 respectivamente. Un total de 13 SNPs fueron identificados, todas variantes sinónimas. Cinco SNPs fueron identificados para el gen HOXC13 y 8 SNPs para el gen KRT31, de las cuales 3 SNPs del gen HOXC13 y un SNPs del gen KRT31 presentaron frecuencias alélicas menores a 0,05. Todos los SNPs estuvieron en equilibrio de Hardy Weinberg (p>0.01) con valores de FIS cercanos a cero. Los resultados indican la presencia de moderada diversidad genética en el gen HOXC13 y KRT31 en la población de alpacas Huacaya de Huancavelica.
Descargas
Referencias
Chai, W.; Zhou, H.; Gong, H.; Wang, J.; Luo, Y.; Hickford, J. 2019. Nucleotide variation in the ovine KRT31 promoter region and its association with variation in wool traits in Merino-cross lambs. The Journal of Agricultural Science. 1-7.
Fernández, A.; Gutiérrez, G.; Ponce de León, F. 2019. Bioinformatic identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in candidate genes for fiber characteristics in alpacas (Vicugna pacos). Revista peruana de biología 26(1): 87-94.
Food and Agriculture Organization of the United Nations. 2005. Situación actual de los camélidos sudamericanos en Perú. Proyecto de cooperación técnica en apoyo a la crianza y aprovechamiento de los camélidos sudamericanos en la región andina (TCP/RLA/2914), Lima, Perú, pp. 1-62.
Foppiano, F. 2016. Caracterización de marcadores genéticos en genes que codifican a proteínas asociadas a queratina y evaluación de la asociación del gen KRTAP11-1 al diámetro de fibra en alpaca (Vicugna pacos) siguiendo una aproximación de gen candidato. M.Sc. thesis. Faculty of Science and Philosophy. Universidad Peruana Cayetano Heredia. Lima, Peru. 147 pp.
Fujimoto, A.; Kimura, R.; Ohashi, J.; Omi, K.; Yuliwulandari, R.; Batubara, L.; Mustofa, Mohammad, S.; Urai, I.; Wannapa, I.; Morishita, Y.; Furusawa, T.; Nakazawa, M.; Ohtsuka, R.; Tokunaga, K. 2008. A scan for genetic determinants of human hair morphology: EDAR is associated with Asian hair thickness. Hum Mol Genet. 17(6): 835–43.
Fujimoto, A.; Nishida, N.; Kimura, R. 2009. FGFR2 is associated with hair thickness in Asian populations. J Hum Genet. 54(8): 461-465.
Han, K.; Liang, L.; Li, L.; Ouyang, Z.; Zhao, B.; Wang, Q.; Liu, Z.; Zhao, Y.; Ren, X.; Juang, F.; Lai, C.; Wang, K.; Yan, S.; Huang, L.; GUO, L.; Zeng, K.; Lai, L.; Fan, N. 2017. Generation of HOXC13 knockout pigs recapitulates human ectodermal dysplasia–9. Human Molecular Genetics 26(1): 184–191.
Kalinowski, S.; Taper, M.; Marshall, T. 2007. Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Mol Ecol. 16: 1009-1106.
Montes, M.; Quiancaño, I.; Quispe, R.; Quispe, E.; Alfonso, L. 2008. Quality characteristics of Huacaya alpaca fibre produced in the Peruvian Andean Plateau region of Huancavelica. Spanish Journal of Agriculture Research 6(1): 33-38.
Raymond, M.; Rousset, F. 1995. Genepop (Version 1.2): Population Genetics Software for Exact Tests and Ecumenicism. J Hered. 86: 248-249.
Rogers, M.A.; Langbein, L.; Winter, H.; Ehmann, C.; Praetzel, S.; Schweizer, J. 2002. Characterization of a first domain of human high glycine-tyrosine and high sulfur keratin-associated protein (KAP) genes on chromosome 21q22.1. J. Biol. Chem. 277: 48993–49002.
Sulayman, A.; Tursun, M.; Sulaiman, Y.; Huang, X.; Tian, K.; Tian, Y.; Tulafu, H. 2018. Association analysis of polymorphisms in six keratin genes with wool traits in sheep. Asian-Australasian journal of animal sciences 31(6): 775–783.
Tkatchenko, A.; Visconti, R.; Shang, L. 2001. Overexpression of HOXC13 in differentiating keratinocytes results in downregulation of a novel hair keratin gene cluster and alopecia. Dev Camb Engl. 128(9): 1547–1558.
Wang S.; Luo Z.; Zhang Y.; Yua D.; Ge W.; Wang X. 2018. The inconsistent regulation of HOXC13 on different keratins and the regulation mechanism on HOXC13 in Cashmere goat. BMC Genomics 19(1): 630.
Ye, J.; Coulouris, G.; Zaretskaya, I. 2012. Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics 13(1): 134.
Yu, Z.; Gordon, S.; Nixon, A.; Bawden, C.; Rogers, M.; Wildermoth, J.; Maqbool, N.; Pearson, A. 2009. Expression patterns of keratin intermediate filament and keratin associated protein genes in wool follicles. Differentiation 77: 307–316.
Descargas
Publicado
Número
Sección
Licencia
Manglar is an open access journal distributed under the terms and conditions of Creative Commons Attribution 4.0 International license
