Comparación de tres coeficientes de similitud para análisis con marcadores moleculares AFLP en Lupinus mutabilis Sweet
DOI:
https://doi.org/10.17268/manglar.2021.040Resumen
Se utilizaron tres coeficientes de similitud: Simple Matching (SM), Jaccard (J) y Dice (D) para analizar la variabilidad genética mediante el uso de marcadores moleculares AFLP en 48 accesiones de Lupinus Mutabilis Sweet, 26 provenientes del Departamento de Cusco y 22 de departamentos y países distintos (Ecuador y Bolivia). A partir de matrices de similitud, se generaron dendrogramas con cada coeficiente, mediante el método UPGMA a través del software NTSYSpc versión 2.01, analizándose y comparándose entre sí, obteniendo un Coeficiente de correlación cofenética (r): SM=0,68674, J=0,79116 y D=0,79332; un Índice de consenso (Clc): SM–J=0,52, SM–D=0,52 y J–D=0,93; y niveles de similitud: SM=0,68, J=0,39 y D=0,56. Determinándose el coeficiente de Simple Matching como el más idóneo para análisis de variabilidad genética con marcadores dominantes como AFLP en L. mutabilis Sweet.
Descargas
Referencias
Alagón, T., & Rosas, R. (2008). Caracterización Molecular de Mashua (Tropelum tuberosum) de las comunidades campesinas de Cusco y Huánuco (Tesis de maestría). Universidad Católica de Santa María. Arequipa, Perú.
Atchison, G., Nevado, B., Eastwood, R., Contreras-Ortiz, N., Reynel, C., Madriñán, S., Filatov, D., & Hughes, C. (2016). Lost crops of the Incas: Origins of domestication of the Andean pulse crop tarwi, Lupinus mutabilis. Am. J. Bot. 103, 1592–1606.
Beharav, A., Maras, M., Kitner, M., Šuštar-Vozlič, J., Sun, G.L., Doležalová, I., Lebeda, A., & Meglič, V. (2010). Comparison of three genetic similarity coefficients based on dominant markers from predominantly self-pollinating species. Biologia Planctarum. 54, 54-60.
Bero, S. A., Muda, A.K., Choo, Y.H., Muda, N.A., & Pratama, S.F. (mayo del 2017). Similarity Measure for Molecular Structure: A Brief Review. Journal of Physics: Conference Series. The 6th International Conference on Computer Science and Computational Mathematics (ICCSCM 2017), Langkawi, Malaysia.
Chirinos-Arias, M., Jimenez, J., & Vilca, L. (2015). Análisis de la variabilidad genética entre 30 accesiones de tarwi (Lupinus mutabilis Sweet.) usando marcadores moleculares ISSR. Scientia Agropecuaria. 6(1), 17–30.
Crisci, J., & López, F. (1983). Introducción a la Teoría y Práctica de la Taxonomía Numérica. Washington D.C., Estados Unidos: Secretaría General de la O.E.A.
Dalirsefat, S., Meyer, A., & Mirhoseini, S. (2009). Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis with amplified fragment length polymorphism markers in the silkworm, Bombyx mori. Journal of Insect Science. 9.
Duarte, M. C., Santos, J. B., & Melo, L. C. (1999). Comparison of similarity coefficients based on RAPD markers in the common bean. Genetics and Molecular Biology. 22(3), 427-432.
Galek, R., Sawicka-Sienkiewicz, E., Zalewski, D., Stawinski, S., & Spychala, K. (2017). Searching for low alkaloid forms in the Andean Lupin (Lupinus mutabilis) Collection. Czech J. Genet. Plant Breed. 53(2), 55–62.
González-Andrés, F., & Pita, J. (2001). La caracterización vegetal: Objetivos y enfoques. Conservación y caracterización de recursos filogenéticos. Valladolid, España: Publicaciones Instituto Nacional de Educación Agrícola.
Gresta, F., Wink, M., Prins, U., Abberton, M., Capraro, J., Scarafoni, A., & Hill, G. (2017). Lupins in European cropping systems. Legumes in Cropping Systems, 88-108.
Guilengue, N., Alves, S., Talhinhas, P., & Neves-Martins, J. (2020). Genetic and Genomic Diversity in a Tarwi (Lupinus mutabilis Sweet) Germplasm Collection and Adaptability to Mediterranean Climate Conditions. Agronomy. 10, 21.
Gulisano, A., Alves, S., Martins, J.N., & Trindade, L.M. (2019). Genetics and Breeding of Lupinus mutabilis: An Emerging Protein Crop. Front. Plant Sci. 10, 1385.
Hallden, C., Nilson, N., Rading, I., & Sall, T. (1994). Evaluation of RFLP and RAPD markers in a comparison of Brassica napus bredding lines. Theoretical and Applied Genetics. 88, 123-128.
Jaccard, P. (1912). The distribution of the flora in the alphine zone. New Phytol. 10(2), 37–50.
Jimenez, J. (2006). Biodiversity of traditional seed propagated crops cultivated in Peruvian highland. (Tesis doctoral). University of Silesia. Silesia, Polonia.
Kosman, E., & Leonard, K. (2005). Similarity coefficients for molecular markers in studies of genetic relationships between individuals for haploid, diploid, and polyploid species. Molecular Ecology. 14, 415–424.
Loh, C. S., Li, I. H., & Sheng, Y. (2016). Comparison of similarity measures to differentiate players’ actions and decision-making profiles in serious games analytics. Comput. Human Behav. 64, 562-574.
Martínez, L., Ruivemkamp, G., & Jongerden, J. (2015). Fitomejoramiento y racionalidad social: los efectos no intencionales de la liberación de una semilla de lupino (Lupinus mutabilis Sweet) en Ecuador. Antipod. Rev. Antropol. Arqueol. 26.
Meyer, A., Garcia, A., Souza, A., & Souza, C. (2004). Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis with dominant markers in maize (Zea mays L.). Genetics and Molecular Biology. 27(1), 83-91.
Moscoe, L.J., & Emshwiller, E. (2015). Diversity of Oxalis tuberosa Molina: a comparison between AFLP and microsatellite markers. Genetic resources and crop evolution, 62(3), 335-347.
Quiñones, R. (2019). Determinación del número cromosómico de 4 ecotipos de tarwi (Lupinus mutabilis Sweet), Huaraz-2018 (Tesis de pregrado). Universidad Nacional Santiago Antúnez de Mayolo. Huaraz, Perú.
Reif, J., Melchinger, A., & Frisch, M. (2005). Genetical and mathematical properties of similarity and dissimilarity coefficients applied in plant breeding and seed bank management. Crop Sci. 45, 1-7.
Remón-Gamboa, Y. K., & Peña-Rojas, G. (2018). Diversidad genética de papas nativas (Solanum spp.) del distrito de Vilcashuamán, Ayacucho-Perú, mediante AFLP. Revista peruana de biología 25(3), 259-266.
Rohlf, F. J. (1997). tpsRelw: relative warps analysis. Dept. of Ecology and Evolution, State Univ. of New York at Stony Brook, Stony Brook, NY.
Rohlf, F. J. 1982. Consensus indices for comparing classifications. Math. Biosci. 59, 131-144.
Sneath, P. H., & Sokal, R. R. (1973). Numerical taxonomy the principles and practice of numerical classification. 1st Edition, San Francisco, Estados Unidos: W. H. Freeman.
Sokal, R., & Rohlf, F.J. (1962). The comparison of dendrograms by objective methods. Taxon. 11(2), 33-40.
Suárez-Contreras, L. (2018). Diversidad genética de Moniliophthora roreri mediante Polimorfismo de Longitud de Fragmentos Amplificados (AFLPs). Revista Colombiana De Ciencias Hortícolas. 11(2), 425-434.
Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., Lee, T.A.J., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., & Kuiper, M. (1995). AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research. 23(21), 4407-4414.
Wang, J., Lu, H.O.U., Wang, R.Y., He, M.M., & Liu, Q.C. (2017). Genetic diversity and population structure of 288 potato (Solanum tuberosum L.) germplasms revealed by SSR and AFLP markers. Journal of Integrative Agriculture. 16(11), 2434-2443.
Weising, K., Nybom, H., Pfenninger, M., Wolff, K., & Kahl, G. (2005). DNA fingerprinting in Plants. Principles, Methods and Applications. Florida, Estados Unidos: Taylor and Francis Group.
Williams, J. G. K., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A., & Tingey, S. V. (1990). DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 18, 6531-6535.
Publicado
Número
Sección
Licencia
Derechos de autor 2022 Roberto F. Aubert-Carreño, Mercedes Maritza Quispe-Flórez, Griselda Muñiz-Durán, Raúl Humberto Blas-Sevillano
Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución 4.0.
Manglar is an open access journal distributed under the terms and conditions of Creative Commons Attribution 4.0 International license